要求定義書や内部設計書が完成し、クライアントから承諾を受けると実際のプログラムに入っていきます。プログラム工程では内部設計書によって定められた仕様と発注書に応じてプログラマが働き始めます。システムを実際に作り上げていく工程となります。大規模なものでは数百人のプログラマが作業をすることもあり、多くの場合、協力会社も含めて数社で分業となることが多いようです。
プログラミングの工程では主に指定されたプログラム言語を利用しますが、プログラミング言語については長く使えること、デバッグがしやすいこと、人員確保がし易いことがチェックされます。特に開発人員については他の項目よりも最優先されることが多いようです。システムが大規模な場合、保守期間も長くなり、また、改修も増えることからいつでも開発人員をすぐに確保できる言語が最優先されることが多いです。そのため、古くから使われている言語についても長く使えるという理由からシステム開発に使われ続けている場合も多いです。
ただし、インターネット系のシステムの場合は古くからある言語ではなく、使いやすく、スピード感のある言語が利用されることが多いのが特徴です。インターネット系のシステムの場合は開発人員自体の確保も容易いと考えられていますが、実際には競争が激しい分野のため、人員確保が難しく開発に支障がでることも多いようです。そのため、設計においても分野ごとに人員確保を考慮して言語を決めることが多くなります